Puedes hacerlo de varias formas:
ffmpeg -i nombre_video.mkv -codec copy nombre_video.avi
ffmpeg -i nombre_video.mkv -vcodec copy -acodec copy nombre_video.avi
ffmpeg -i nombre_video.mkv -vcodec mpeg4 -acodec mp3 nombre_video.avi
ffmpeg -i input.mp4 -vf scale=1280:720 -preset slow -crf 18 output.mp4
Otras, pueden ser esta, esta y esta o quizas esta.
Y luego pueden pasar mas cosas:
Necesitar pasar el audio de un 5:1 a stereo... puedes seguir esta:
ffmpeg -i "your_movie_file.mkv" -c:v copy -ac 2 -c:a aac -b:a 320k -ar 48000 output.mkv
Y mas detalles por aqui, aqui y aqui. Mas detalles.
Y si necesitas subir el volumen
ffmpeg -i input.mkv -filter:a "volume=4.0" output.mkv;
Por ultimo meter en segundo plano el proceso activo:
1. stop currently running command: Ctrl+Z
2. To move stopped process to background execute command: bg
3. To make sure command will run after you close the ssh session execute command: disown -h
4. exit ssh, go home, process will finish on the background :-)